Als "Lebensräume von gemeinschaftlichem Interesse" der Europäischen Union kommen in der Ruhraue die Erlen-Eschen- und Weichholz-Auenwälder, die natürlichen eutrophen Seen und Altarme, die Glatthafer- und Wiesenknopf-Silgenwiesen und der Hainsimsen-Buchenwald vor. Als "Tierart von gemeinschaftlichem Interesse" gilt der Eisvogel, der regelmäßig im Gebiet brütet.
Genauere Informationen über die Einstufung der einzelnen Arten und Lebensräume gibt es in der Fachinformation des Landesamtes für für Natur, Umwelt und Verbraucherschutz.
Die Naturschutzverbände haben frühzeitig die Mülheimer Ruhraue als FFH-Gebiet vorgeschlagen und fachliche Begründungen gesammelt. Nach umfangreichen Untersuchungen hat das Landesamt für Natur, Umwelt und Verbraucherschutz Nordrhein-Westfalen (LANUV) diesen Vorschlag aufgegriffen und das FFH-Gebiet "Ruhraue in Mülheim" nach Brüssel gemeldet. Dort wurde die Mülheimer Ruhraue als FFH-Gebiet anerkannt. In der Begründung des LANUV wird den Altwässern und Wiesen herausragende Bedeutung zugeschrieben, "bezüglich der Auenwälder handelt es sich um eines der wichtigsten Gebiete in NRW".
Die große Bedeutung des Gebietes für den Vogelschutz unterstreicht nicht nur das Vorkommen des Eisvogels, weitere 17 Vogelarten, die auf der "Roten Liste der gefährdeten Vogelarten Nordrhein-Westfalens" stehen, haben hier ihre Brutreviere:
Teichhuhn, Dohle, Steinkauz, Baumfalke, Kleinspecht, Reiherente, Klappergrasmücke, Wiesenpieper, Wasserralle, Teichrohrsänger, Rohrammer, Grünspecht, Gelbspötter, Feldsperling, Goldammer, Dorngrasmücke und Schwarzkehlchen.
(Quelle: Sonnenburg, Brutvogelkartierung für die Stadt Mülheim, 1998)
